На виборах у Верховну Раду в 1998 році партія отримала 5,01 % голосів і 17 мандатів за партійним списком, ще шість кандидатів партії були обрані в одномандатних виборчих округах. Але вже в парламенті склад фракції швидко зріс до 89 осіб.
На осінь 1998 року в партії сформувалося два крила: опозиційне до курсу президента Леоніда Кучми (Анатолій Матвієнко, Володимир Філенко, Тарас Стецьків) та пропрезидентське (Валерій Пустовойтенко, Анатолій Толстоухов, Євген Кушнарьов). Пізніше представники опозиційного крила залишили лави партії. Головою партіїї став Валерій Пустовойтенко.

На парламентських виборах 2002 року за блок «За єдину Україну!», до якого входила НДП, проголосувало 11,77 % виборців, що дало можливість створити суто партійну фракцію у складі 18 депутатів.

У виборах 2006 року НДП брала участь в складі «Блоку народно-демократичних партій», але не подолала 3-відсотковий бар'єр. Взявши відповідальність за поразку на себе Валерій Пустовойтенко заявив про складання з себе повноважень лідера партії. Замість нього партію очолила Людмила Супрун.