У парламентських виборах 1998 року партія брала участь у складі блоку «За правду, за народ, за Україну!» разом із СПУ. Блок набрав близько 8,5 % голосів виборців (3 місце), отримавши 29 мандатів, 6 кандидатів від блоку було обрано за мажоритарними округами. Фракція СелПу у Верховній раді 3-го скликання налічувала 14 депутатів.

На Президентських виборах 1999 року партія висунула кандидатуру Олександра Ткаченка, проте незадовго до виборів зняв свою кандидатуру.

У 2001 СелПУ ініціювала акцію «Слободану Милошевичу — свободу!» на підтримку тодішнього голови Югославії Слободана Милошевича.

У парламентських виборах 2002 року партія брала участь самостійно і набрала 0,37 % голосів виборців. Жоден з кандидатів від партії не був обраний і на мажоритарних округах.

На Президентських виборах 2004 року партія підтримала кандидатуру Віктора Януковича.

У 2005 року з партії був виключений її перший очільник Сергій Довгань. Партію очолив Олександр Яворський.

У парламентських виборах 2006 року партія брала участь самостійно і набрала 0,31 % голосів виборців, не потрапивши до парламенту.

З 30 червня 2007 партію очолює Поречкіна Лідія Степанівна.

22 листопада 2008 року керівником партії обрано Холоднюка Зеновія Васильовича (1961 р н). Відповідне рішення було ухвалене на третьому етапі ІХ позачергового з’їзду Селянської партії України